Sono trascorsi dieci anni dalla crisi di Naboo, e dalla successiva elezione del senatore Palpatine al titolo di Cancelliere della Repubblica Galattica. La Galassia, ora, è sull'orlo della guerra civile, in quanto il Conte Dooku, ex cavaliere Jedi, nonché allievo di Yoda e maestro di Qui-Gon Jinn, dopo anni di silenzio, è di recente tornato sulla scena repubblicana guidando un movimento di pianeti secessionisti sempre crescente, il quale minaccia di marciare direttamente verso Coruscant. Il Senato Galattico è diviso in due su una questione di vitale importanza circa la risoluzione della crisi politica e sociale: accettare oppure no la fondazione di un esercito che recuperi il controllo dei pianeti separatisti e che impedisca a Dooku di proseguire nei suoi oscuri intenti.
Padmè Amidala, ora senatrice di Naboo, è il capo del movimento lealista, e dal suo arrivo a Coruscant è il bersaglio di continui attentati che, per fortuna, vengono astutamente sventati. Il maestro Jedi, Mace Windu, in accordi con Yoda, le affida come scorta personale il maestro Obi Wan Kenobi e il suo apprendista, Anakin Skywalker, ora ventenne.
A seguito di un nuovo attentato, Obi Wan svolge delle accurate indagini per scoprire l'identità di coloro che vorrebbero morta la senatrice. I primi indizi condurrebbero a un certo Jango Fett, un temuto ed esperto cacciatore di taglie addestrato secondo i metodi mandaloriani. Le tracce successive conducono il maestro Jedi su Kamino, un mondo al di fuori dello spazio repubblicano dove esistono famose fabbriche di cloni.
Padmè e Anakin vengono mandati su Naboo, dove la senatrice può risultare molto più al sicuro. Ed è proprio li che, violando le ferree leggi del codice degli Jedi, Anakin si innamora della giovane e carismatica senatrice , che lo ricambia ma cerca di negare l'evidenza per non mettere in pericolo la carrierà di jedi del ragazzo: ai jedi è infatti proibito sposarsi. Messosi in contatto con il Consiglio degli Jedi anziani, il maestro Kenobi afferma di aver scoperto che Jango Fett è stato assunto da un maestro Jedi assassinato un decennio prima per la crezione di un esercito di cloni voluto dal Consiglio stesso. Yoda e Mace Windu, in realtà, non ne sanno nulla, e ordinano a Obi Wan di portare Fett davanti a loro.
Il giovane Skywalker ha frattanto una serie di incubi spaventosi che riguardano la madre, Shmi. Deciso a salvarla dal destino di morte che vedeva per lei in sogno, Anakin lascia Naboo insieme ad Amidala alla volta di Tatooine, ma al suo arrivo scopre che è già troppo tardi: la madre, risposatasi con un fattore dell'altra parte del pianeta, è stata rapita dai predoni Tusken, e torturata brutalmente. L'apprendista Jedi, quando la ritrova, arriva in tempo per vederla morire. Colto da sentimenti di rabbia e odio, usa i suoi poteri della Forza per uccidere l'intero accampamento di beduini, sperimentando per la prima volta il malvagio potere del Lato Oscuro, come Yoda e Mace Windu avevano previsto e temuto.
Nel frattempo, Obi Wan ha inseguito Fett fino al pianeta Geonosis, dove però viene fatto prigioniero e trascinato di fronte a Dooku in persona, il quale gli propone di seguirlo nella sua lotta per il potere. È fermamente convinto che la Repubblica Galattica sia ormai sotto l'indiscusso potere del Sith Darth Sidious. Obi Wan, però, rifiuta categoricamente.
Il Cancelliere Palpatine e un piccolo gruppo di senatori vengono messi al corrente della creazione segreta su Kamino dell'esercito di cloni, ma il Senato è ancora diviso. In una seduta del gran collegio, a Palpatine vengono affidati i poteri speciali, di cui il Cancelliere fa uso per ordinare la fondazione dell'esercito repubblicano.
Anakin e Amidala raggiungono Geonosis, ma vengono anch' essi catturati da Dooku, il quale ordina di gettarli nell'arena insieme a Obi Wan perché vengano uccisi: Padmè credendo di morire confessa al giovane di amarlo prima di entrare nell'arena.
A sorpresa, Yoda interviene con l'esercito di cloni, liberando gli ostaggi e, in seguito, inseguendo Dooku, il suo vecchio apprendista. Su tutto il pianeta infuria una battaglia tra i cloni, affiancati dagli Jedi, e i droidi della Federazione dei Mercanti. Durante la battaglia viene ucciso perfino Jango Fett, per mano del maestro Mace Windu.
Dooku affronta in duello con la spada laser Obi Wan e Anakin, al quale taglia un braccio. Non potendo battere Yoda, sfrutta un diversivo e si da alla fuga verso il pianeta Coruscant, per incontrare il suo nuovo maestro Sith, Darth Sidious.
Ora, la Repubblica Galattica è pronta a scendere in guerra contro i temuti separatisti: l'esercito dei cloni tratto da Jango Fett attende solo gli ordini del Cancelliere Palpatine.
Gli Jedi sono allarmati: la Guerra dei Cloni ha inizio, e il Lato Oscuro getta la sua ombra su tutto. Neppure Yoda, con il suo potere così sconfinato, è in grado di prevedere il futuro a seguito di questo conflitto.